周三，战役模式中的第二战打响。由于月神5号的坠落导致地球上的居民人心惶惶。米莱将哈萨维送往太空。哈萨维也认识了和父亲一起上太空的珂丝·帕拉雅。
珂丝·帕拉雅的父亲阿登纳·帕拉亚是时任地球联邦副部长，由于父母离异继母又性格刁钻，因此从小得不到家庭温暖而变得性格叛逆激烈
阿登纳·帕拉亚要求布莱度将战舰开往SIdE-1，为的是和夏亚谈判。阿登纳与夏亚和谈的目的就是新吉翁和平解除在甘泉的舰队武装，并将月神二号移交给联邦当局。而作为回报，夏亚将获得阿克西斯作为补偿。当谈判的进程令阿登纳满意后，阿登纳前往月神二号监督新吉翁舰队解除武装。
阿姆罗在之前的战斗中意识到了夏亚机体的强大，将只开发了一半的Rx-93 ν高达强行从阿纳海姆开了出来。ν高达由阿姆罗主导设计，但是却加装了夏亚故意透露的精神感应骨架技术，能够最大限度发挥出他的Newtype能力。
阿姆罗还修改了浮游炮的设计，增大了体积，并改为长板型折叠式，使用的时候两边折叠起来利用磁场压力产生光束攻击。因为全套浮游炮共六件并联放置在机体背包左部的武器架上，就像多了一只翼，所以阿姆罗也将其定名为“浮游飞翅炮”，终于拥有与夏亚的最新座机mSN-04沙扎比相抗衡的实力。
得到新机体的阿姆罗心情十分愉悦，就带着珂丝与哈萨维驾车兜风，在休息时段外出骑马散步的夏亚和阿姆罗撞个正着。两人大打出手，阿姆罗甚至拔枪欲向夏亚射击，然而谁也没想到就在此时珂丝竟突然夺去阿姆罗的枪械，并与夏亚一起由新吉恩军的强化人邱尼驾机接走。
这一次，隆德·贝尔察觉到了危险，腐朽的地球联邦一直想通过谈判手段和新吉恩军达成合作。但是在隆德·贝尔眼里，这是不可能的，拥有独立军事权的隆德·贝尔。出现在了月神二号。
阿姆罗迫不及待的驾驶新机体出战，RGZ-91利·卡兹则是交到了楼宇手里。夏亚用mSN-04沙扎比对战阿姆罗的Rx-93 ν高达。这也是夏亚期待的，使用功能类似的机体进行公平之战。既是宿敌也是战友的两人战在了一起。
楼宇驾驶着利·卡兹寻找着NZ-333a·瓦索龙的位置，但是被邱尼·卡斯的mSN-03乍得·多加偷袭
mSN-03乍得·多加
乍得·多加的浮游炮舱荚盾袭来，楼宇和利·卡兹还在磨合阶段。不能在第一时间有效反击。楼宇只能竖盾抵挡。然后发射二连装榴弹，干扰乍得·多加。
楼宇察觉到Npc随着时间线退移也变得越来越强了。不只是机体能力提升，Npc的战力也有大幅度提升。而且Npc进入战斗就是满状态，玩家则是需要短暂预热。
楼宇也体会到了阿姆罗迫切想要新机体的缘故。利·卡兹虽然有准塞可缪装置生物传感器，但是并没有浮游炮这类的武器。楼宇的反应速度还达不到阿姆罗那个级别。被压制的无法反击，只能防守。
此时的另一只鸭子正在陪着珂丝试驾新机体NZ-333a·瓦索龙。作为Nt的珂丝虽然没有实战经验，但是由于新吉恩军缺兵少将，只能让珂丝出战。
但作为完全依靠精神力来操控的瓦索龙，过于依赖机师的Nt能力，对于珂丝这样年轻的新人机师，本就不坚定的意志在残酷的战争前越来越不稳定，甚至出现混乱。
在一旁的另一只鸭子不知道怎么干预，只能和瓦索龙一起杀入地球联邦军阵营，然后目送珂丝怒杀亲爹。
阿登纳来到月神二号，才发现月神二号上的新吉翁舰队大部分都是伪装气球假扮的，随即阿登纳所在的战舰也参与到了对抗新吉恩军的战斗中。
但是一台巨大的机体出现。阿登纳所在的战舰下意识的攻击这台机体，被瓦索龙的I力场发生器挡住。受到攻击的珂丝顿时失控，直接亮出了瓦索龙的所有武器。然后在不知情的情况下击沉了自己父亲所在的战舰。已经觉醒了Nt能力的珂丝，受到瓦索龙和父亲死亡的双重精神压迫直接昏厥。
另一只鸭子目睹了瓦索龙用了25秒就干掉了一艘战舰后，怎么呼叫珂丝都无法得到回复。另一只鸭子只能开着AmS-119基拉·多加将全高108.26米的瓦索龙。推回母舰。
相比于精英部队的僵持不下，玩家部队却是一边倒的局面。刺手玫瑰公会让朱塔开着月亮高达大杀四方，同时也激发起了另一位王牌机师。苍之死神加岛勇的好胜心。
两位机师如入无人之境，为隆德·贝尔和地球联邦杀出了一条路。此时吉恩军已经没有了这样的王牌机师。只能让列珍·施耐德和伊莉亚·帕佐姆两名女性机师苦苦支撑。
虽然七月和流羽的组合技能为吉恩军制造出了一定的机会，但是在人数众多的大混战里，显得有些杯水车薪。
作为主角，夏亚和阿姆罗一边嘴炮一边打架。阿姆罗使用浮游飞翅炮对抗夏亚的浮游感应炮。阿姆罗还意外地触发了浮游飞翅炮的防御模式，也就是放出粒子形成一道光束扰乱膜抵御光束攻击。
阿姆罗的Nt能力本就凌驾于夏亚之上，不过夏亚的实力也是一直在进步，二者打的十分精彩，浮游炮的速度也越来越快。阿姆罗似乎喜欢上了使用浮游飞翅炮的防御模式。连续挡下了夏亚的光束攻击。
虽然主力们打的津津有味，但是吉恩军的玩家们已经溃败了。目前吉恩军除了夏亚之外，最好的机师估计就是才回到吉恩军怀抱的真红闪电乔尼·莱登了。
但是钱塘公会并没有让乔尼·莱登重回宇宙，而是留在地球和当初吉恩军的另一位王牌机师白狼松永真斗法。
正是因为这样导致了吉恩军的溃败，最离谱的还是加岛勇开着一台RGm-89杰刚就拥有了足以横扫战场的实力。不知道这位王牌机师会花落谁家。
被隆德·贝尔阻击的新吉恩军不得不撤退，不过好在夏亚的战略目标并不是月神二号，而是小行星阿克西斯。
夏亚撤离之前，还对阿姆罗撂了一句狠话：阿姆罗，我们阿克西斯再见。