经过两百多年的休养生息，自由派得以振作起来，重新恢复到鼎盛时期，强大的宇宙舰队也重新建立起来。
自由派因为有了博坦人的加入，变的更加包容，也正式成立“自由意志”这个联盟组织，其宗旨就是吸纳一切崇尚自由平等的宇宙高智慧生命，共同建立一个平等自由的世界，这种东西在思想境界达不到一定高度的普通人看来，就是假大空的东西，其实就有许多思想境界超脱普通人层次的先驱者，他们把这些理念做为毕生的信念，并且为之奋斗不息，这便是他们值得人尊敬的地方。
“自由意志”成立之后，就开始实行他们的理念，其中最为明确的目标就是消灭“神”的走狗投降派，夺回被其占领的母星，赫拉库人的发源地。
自由意志的军队开始向外探索，初期以侦察和探测为主，毕竟与投降派分离两百多年，如今投降派的科技和战斗力发展到什么水准，必须探查清楚，贸然进攻，无疑是置大量士兵的生命于不顾，知己知彼是兵家常识。
投降派的理念就决定他们是偏安一隅的，躺在之前的基业上，坐享其成就行，其高层领导全都是享乐派，没有丝毫进取心，所以两百多年来，投降派也没有四处搜寻逃走的自由派，他们坚信有“神”的庇佑，自由派不敢打上门来，为此他们把自己称之为“神之手”，寓意着是“神”在这个世界的代行者。
经过自由意志侦察部队的侦察，发现投降派的科技进步并不大，隐隐落后于自由意志。
自由意志的高层在获悉此信息后，决定发动一次突袭战，这是时隔两百多年后，自由意志和神之手的首次战斗，被称之为“塞拉星域会战”。
塞拉星域是神之手控制区域边缘的星域，驻扎着神之手一个小型舰队，共计六十艘各型战舰。
自由意志由于是试探性攻击，并没有投入太多军队，虽然神之手科技要略微落后，但是保不准“神”会给他们留下些什么不为人知的手段，万一出现意外，初次战斗遭受重大损失，是自由意志不愿看到的事情。
自由意志为此投入两个舰队，共计一百艘各型战舰，数量约是敌人的两倍，而且战舰的科技也略高一筹。
战斗开始，养尊处优的神之手舰队，不论是士气还是战意上，明显非常低，几乎是一触即溃，很快四散逃命。
经过一番围剿和追击，初次战斗取的完胜，神之手共计被歼灭四十四艘各型战舰，其余十六艘战舰由于逃走的快，被其逃脱，而自由意志并没有战舰被击毁，只有数艘战舰被击伤，伤亡士兵数百人。
经过初次战斗，神之手知道昔日的敌人回来了，其高层陷入恐慌之中，仓皇组织防御。
此后，自由意志频频发起攻击，每一次都大获全胜，令神之手损失惨重，不得不收缩防线。
直到十多年后，战争才发生转机，神之手的主子“神”再一次降临。
神之手的高层跪在主子面前痛哭流涕，讲述十多年来的事情，乞求主子赐予他们力量，战胜敌人。
有狗腿子为自己办事方便太多了，神也不想失去狗腿子，但他也不是大方的，虽然赐予神之手一些宝物，但是要驱动这些宝物，需要神赐予的特殊能量晶体才行，这些能量晶体被称之为“神晶”。
想要获得更多的宝物和神晶，神之手就必须提供更多更好的灵魂供神吞噬，同时神很喜欢神之手这个名称，要求神之手的战舰外形全部更改，统一改成怪手的形状，神之手的高层自然遵照执行。
自此，神之手加大了对玛度人的迫害，更多的玛度人被培养出来成为吞噬的食物。
有了主子赐予的宝物，神之手在与自由意志的战斗中不再不堪一击，神赐予的宝物几乎都是针对灵魂攻击的，其中最强大的一件，可以让一个恒星系范围内的一切有灵魂的生命瞬间失去意识，许多人就此失去生命，能够恢复过来的，也有很多在灵魂上留下创伤，而且无法防御，极其恐怖，只不过其消耗的神晶也非常之多，神之手也不敢肆意使用。
自由意志在遭受一定损失后，意识到问题的严重性，自此战争陷入胶着状态，一晃就是数千年过去。
双方的科技水平也在不断提升，自由意志的科技水平达到3.6级，而神之手略微落后一些，达到3.5级，因为有其主子赐予的宝物，使双方力量基本持平，自由意志也不敢轻易发动大规模的战斗，一旦神之手不惜血本的使用宝物，自由意志会遭受惨痛的损失。
在数千年中，自由意志又先后吸收赛尔瑟人、巴普兹人、LS诺人、地球人加入，其中地球人是最晚加入的。
而神之手也跟着自由意志学，采用各种手段拉拢几个同伙，有克渣人、木吉人、沙卡巴人、辛斯奇人，其中沙卡巴人和辛斯奇人属于半被奴役半被利用的角色，地位略高于玛度人，而克渣人和木吉人要好一些，但也只是炮灰而已，被大量投入军队中，做为战争的牺牲品。
神之手在战争中也不再是被动防御，等着自由意志来打，他们也会派出舰队袭击自由意志的基地和据点，牵制自由意志的力量。
现在整个银河系的大致状况就是如此。
当年姚远遭遇到的就是神之手在外巡弋的侦察战舰，神之手的宗旨就是，不是自己人，能抓就抓，不能抓就消灭，所以求知者号被无故攻击，幸好遇到的只是侦察战舰，否则求知者号很可能被直接摧毁。
地球人的运气也算不错的，率先被自由意志发现，经过一番波折，地球人顺利加入自由意志，毕竟这更符合地球人的理念。
在加入自由意志联盟之后，地球人也获得一些科技，让2.8级的科技跨越到3.0级，别小看这0.2级的提升，这是一个大的跨越，是从恒星文明跨越到星系文明，科技文明的提升并不是呈加速度的，同修炼者提升有共同之处，越往高级越难，同样会遇到瓶颈，在发展初期时，速度快的匪夷所思，但是达到一定程度后，这个速度就会降下来，进入缓慢发展阶段，不断积累和沉淀知识，直到一个契机，又会向前迈进一步。
比如赫拉库人，他们在数千年前就已经进入3.0级的星系文明，到现在，自由意志也才刚刚达到3.6级，而神之手才3.5级，而且越往以后，越困难，估计要突破到4.0级的星河文明还遥遥无期，少说也得几万年，就连仙女星系3.8级的卡尔塔帕人要想达到4.0级，也得以万年为单位。
自由意志联盟虽然提倡自由平等，但是也不会向联盟成员无偿提供核心科技，想要获得，必须付出对等的代价，因此联盟内部各大种族间，科技也是存在差距的，赫拉库人和博坦人做为核心，科技等级最高，均为3.6级，赛尔瑟人3.4级，巴普兹人3.3级，LS诺人3.1级，地球人最低3.0级。
地球人科技之所以最低，还有一个重要原因就是，自由意志一直希望获得地球的核心科技机密，那就是地球人所掌握的灵魂科技技术，灵魂科技是地球人的最高科技机密，就是地球人也只有高层才知道，至于核心科技机密更是只有几人知道，所以自由意志一直想地球人用灵魂科技的核心技术来换取他们的核心技术，灵魂科技是地球人最后的底牌，当然不会轻易拿出来与人交换，因此造成地球人一直无法获得联盟中更高级的科技，致使科技在联盟中处于垫底，为此，地球人高层也进行过多次会议，经过反复衡量，始终没有做出让步。
不过地球人做为自由意志联盟的一员，也没有把事情做绝，还是尽量向自由意志联盟提供一些灵魂科技装备。
自由意志为什么这么看重地球人的灵魂科技，主要是灵魂科技的装备能够有效抵御神之手的灵魂攻击手段，当一艘战舰配备灵魂科技装备时，战舰上的乘员就能够在神之手的灵魂攻击中得以幸存，这是在实战经过检验的，为此引起自由意志高层的轰动，这在以前是从未有过的，神之手的灵魂攻击无法防御，只要在攻击范围内，凡是具备灵魂的生物，无一幸免，可是地球人的灵魂科技装备打破这个惯例，能够有效抵御灵魂攻击，对于功率很强的灵魂攻击虽不能完全抵御，但也能大大降低伤害，对于弱的灵魂攻击，则是完全防御，所以自由意志对此几乎是垂涎三尺。
其实所有人都不知道，地球人也是有苦难言，灵魂科技装备根本无法量产，而且是有限，损失一件少一件，根本无法再生，所以地球人才会如此看重，作为最高机密对待。
说到灵魂科技装备，其核心材料就是魂晶，也就是当年配备给姚远的魂晶耳环上面的魂晶，失去魂晶，灵魂科技装备将完全失去作用。
魂晶还有一个极其重要的用处，就是能够转移和储存灵魂，古琦那里的魂晶耳环就有这个作用，不要小看这个作用，它其实非常了不起。
灵魂经过研究，确认是一种奇异的能量，它不同于普通物质世界的所有能量，运用现有的科技手段，根本无法捕捉，就连3.8级科技的卡尔塔帕人，虽然也掌握一星半点灵魂方面的知识，可是也做不到捕捉灵魂。
灵魂是随生命体诞生而生，随生命体死亡而消散，刚刚诞生的生命体，其灵魂犹如一张白纸，什么都不知道，直到与外面的物质世界接触互动，灵魂才会增加色彩，变的更加稳固，同时形成每个人的个性和脾气。
对于灵魂，修炼者和修真者更为擅长，强大到古琦这种级别的强者，就能够感应到灵魂的存在，也有手段禁锢脱离肉体的灵魂，只不过修炼者和修真者只懂得运用，很少能够破解其奥秘。
科技文明要研究灵魂为什么如此困难，主要是因为你根本无法观察到，也没有办法捕捉到，你如何研究，只凭想象吗？没有实验数据的支撑，什么理论都只能止步于假说。
地球人之所以有所突破，就是因为魂晶的存在，魂晶可以吸收和储存灵魂，虽然同样难以观察和实验，但是实现了从零突破，把不可能变为可能，只不过研究进展非常缓慢，从姚远失踪到现在，终于开发出灵魂防御装备，这在当年是没有的。
估计要想彻底搞清楚灵魂的奥秘，可能要神级文明，甚至是终极的创世文明才行吧。