“三令五申”的成语故事源自《史记·孙子吴起列传》，讲述了春秋时期着名军事家孙武通过反复强调军纪，最终使宫女们遵守纪律的故事。
孙武，春秋末期着名的军事家，被誉为“孙子”，是中国古代军事学的奠基人之一。他的着作《孙子兵法》至今仍为军事领域的重要参考文献。吴王阖闾是吴国的一位杰出君主，他赏识孙武的才能，并希望测试孙武的统兵能力。
吴王阖闾，作为吴国的一代明君，深知人才的重要性，尤其是对于军事人才的渴求更是迫切。为了深入考察孙武这位被传为军事奇才的人物，他精心策划了一场特殊的“考验”。阖闾特意从宫中挑选了一百八十名宫女，这些宫女平日里习惯了宫中的安逸生活，对于军事操练一无所知，更不用提遵守什么军纪了。他将这支特殊的“军队”交给了孙武，意图通过此举来观察孙武如何应对这一难题，从而评估他的军事才能和领导力。
孙武接到任务后，并没有因为宫女们的身份和背景而有所畏惧或妥协。他深知，无论面对什么样的队伍，纪律都是第一位的。于是，他首先将这些宫女分为两队，并巧妙地任命了吴王最宠爱的两个妃子作为队长，希望通过她们来影响整个队伍，提升宫女们的纪律性。然而，这些宫女们平日里养尊处优，对于操练根本不当回事，她们在训练过程中嬉笑打闹，完全不听从孙武的指挥，仿佛这场操练只是一场游戏。
面对宫女们的顽劣表现，孙武并没有气馁或妥协。他深知，要让这些宫女们真正认识到军纪的严肃性，必须采取一些特殊手段。于是，他首先向宫女们宣布了严格的纪律，并设下了执行军法用的斧铖刑具，以此来震慑她们。接着，他开始“三令五申”地强调军纪的重要性。他详细解释了“三令”的含义：观察敌情、听从指挥信号以及执行赏罚措施，这三点是军事行动中最为关键的部分。同时，他又阐述了“五申”的内容：赏罚分明、队形保持、战阵布置、夜间作战规则以及对待命令的态度，这些都是军队中必须严格遵守的规矩。
然而，初次操练时，宫女们仍然我行我素，根本不把孙武的命令当回事。她们在操练中嬉笑打闹，完全不按照命令行事。孙武见状，并没有急于发火或惩罚她们，而是冷静地分析原因。他认为，这可能是因为纪律不明、申令不熟，导致宫女们没有真正认识到军纪的严肃性。于是，他又一次“三令五申”地强调军纪，并耐心地解释每一条规矩的重要性。他希望通过自己的耐心和坚持，能够让宫女们逐渐认识到军纪的重要性。
然而，令人遗憾的是，即使孙武再次强调军纪，宫女们在第二次操练时仍然哄笑不止，完全没有按照命令行事。这一刻，孙武意识到，单纯的劝说和解释已经无法改变宫女们的态度了。他必须采取更为严厉的措施来维护军纪的尊严。于是，他果断地下令斩杀了两位担任队长的吴王爱妃。这一举动震惊了在场的所有人，包括吴王阖闾。吴王见状大惊失色，他万万没想到孙武竟然会如此果断地执行军法。他赶快派人下来传令，希望孙武能够看在他的面子上放过这两位爱妾。然而，孙武却坚持军法如山，他认为既然已经宣布了纪律和规矩，就必须严格执行。最终，他将两位队长斩首示众，以此来警示其他宫女。
孙武的这一举动虽然震惊了所有人，但也起到了极好的效果。宫女们在见识到孙武的严厉和决心后，再也不敢违抗命令了。她们在后续的操练中严格遵守军纪，听从孙武的指挥。孙武的操练取得了巨大的成功，他不仅让这些宫女们认识到了军纪的重要性，还通过实际行动展示了自己的军事才能和领导力。吴王阖闾对孙武的表现大为赞赏，他深知自己找到了一位真正的军事奇才。最终，他任命孙武为将军，让他在自己的麾下发挥更大的作用。而“三令五申”的故事也由此流传下来，成为了后人传颂的佳话。