天启元年7月。
华东地区南直隶、山东、浙江的军队经过整肃，花名册编制总计约76万人，其中南京三大营约18万人、漕运总督下辖运军约12万人、操江提督下辖沿江水军营约6万人、南直隶地区卫所军队约16万人、凤阳中都留守司约5万人、山东都司约10万人、浙江都司约9万人，实际人数约30万人。
华中、西南、华南地区的地方军队经过整肃，花名册编制总计约82万人，其中湖广都司约14万人、湖广行都司约4万人、河南都司约7万人、江西都司约2万人、四川都司约7万人、四川行都司约3万人、云南都司约12万人、贵州都司约10万人、广东都司约9万人、广西都司约5万人、福建都司约6万人、福建行都司约3万人，实际人数约33万人。
按照军队整肃整编整训条例，约6万名违法犯罪人员被严厉惩处。
黔国公沐昌祚、魏国公徐弘基、临淮侯李邦镇、灵璧侯汤国祚、抚宁侯朱国弼、定西侯蒋承勋、隆平侯张国彦、西宁侯宋光夏；
忻城伯赵之龙、清平伯吴遵周、兴安伯徐汝孝、东宁伯焦梦熊、成山伯王国柱、新建伯王承勋；
南京操江提督孟养浩、南京都督府副总兵崔天锡：
四川都司指挥使陈继光、四川行都司指挥使张永恩、四川行都司佥书刘范、四川总兵黄守魁、四川总兵杨愈懋、四川保宁卫指挥孙光祚、杨应岳，四川松潘参将曹尔学，四川重庆府千总胡来凤；
四川宁州卫武举邓懋官、革四川垫茂游击范景、韩任、四川守备伍德崇、四川永宁司宣抚奢崇明与其子奢寅、其婿樊龙、四川松潘参将潘隆、四川松潘游击张邦纮、四川平番堡参将高珍密、川兵守备邓琥、都司张神武；
贵州都司指挥使刘嘉言、贵州都司王兴业、贵州都司佥书方策、贵州龙新参将龙万化、贵州坐营都司许敬所、贵州普安守备许成名；
云南都司佥书姚之屏、云南临安兵备刘一全、副总兵杨应春、云南永腾游击吴德行、里海把总屠锡、洱海守备姚之屏、云南守备印继康、云南迤东守备方策、洱海守备姚之屏、云南顺蒙守备李加倍；
广西掌印竺凌云、广西都司佥书丁文耀屠锡、广西参将张懋勋，广西南太林兆鼎、广西永宁王慎德、广西柳营成启元、广西总兵坐营指挥佥事高云豸、广西参将黎国炳、广西镇守总兵纪元宪、广西浔梧游击将军傅汝霖；
广东掌印严一魁、广东镇守总兵崔天赐、广东雷廉参将梁鹏，广东杨电乐应祥、广东惠州陈廷对、广东琼崖冯之琦、广州海防参将吕佾、广州海防石国勋；
福建都司掌印沉志亮、福建都司指挥使王慎德、登州守备李先春、福建游击禇翰、福建南路参将胡应魁；
浙江都司掌印王廷凤、浙江总兵何斌臣、浙江把总孙锡爵，浙江运粮把总孙其贤、浙江温处参将徐应高、浙江都司佥书翟国儒、浙江嘉湖参将张景房、浙江守备胡良相、援辽浙江游击袁应兆、浙东把总李蒙雷；
江西都司指挥使包良栻、南赣参将朱世宠、南赣参将叚起仁;
湖广都司指挥使许志远、湖广行都司指挥使杨洪震，湖广行都司佥书杨于阶湖广都司刘廷藩、湖广都司史良将、湖广行都司佥书杨于阶、兴都都司指挥使姜可礼、湖广总兵薛来胤；
湖广副总兵陈藩屏、湖广黄州卫镇抚邓祖禹、湖广麻镇五寨司土官田景受、麻镇五寨司土司张大忠、兴都留守沈崇极、湖广黄花镇参将吕光炫；
河南都司佥书黄玺、河南领游击翟子勋等约6000名勋贵、官兵被判处绞刑。
抄没家产现银约7650万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约3850万银元，土地约930万亩。大部分来自江南经济富庶地区。
按照军队整肃整编整训条例，南京三大营、漕运总督、操江提督、南直隶地区卫所、凤阳中都留守司、山东都司、浙江都司、湖广都司、湖广行都司、河南都司、江西都司、四川都司、四川行都司、广东都司、广西都司、福建都司、福建行都司及其卫所裁撤编制。
军产军资由皇家卫队接管，被挪用侵吞的军产军资进行追讨。
剩下约54万人，其中约18万老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，发放退伍费遣返原籍或就地安置为民。
甑选整编4个师名青壮，进行为期半年的封闭军事训练和文化学习。其它32万人整编为工程部队加入中华建筑民工大军。
大明军队花名册编制约380万，实际人数约190万人。
符合朱由校要求的可战之兵，仅整编出13个师约16万人。
通过军队的整肃，大明军队的腐败真是触目惊心，难怪连几万人的女真八旗都打不过，最终落得江山易主、国破家亡的境地。
在《中华时报》以及皇家卫队和新锦衣卫的大力宣传发动下，军队的整肃得到了当地老百姓以及基层军户、官兵的一致拥护，纷纷出面举报指证，各地地方军阀势力土崩瓦解。
家丁实力以及各方势力比较强悍，敢于武力对抗的，在皇家卫队强大的武力镇压下，灰飞湮灭。
李起元、文球、崔景荣调往皇家军事大学担任教官。
华东地区成立皇家卫队华东军区，总部南京，由皇家卫队总参谋部直接管辖指挥。高宏图担任华东军区总指挥，莫强铸担任政治委员，房强方担任参谋长。
华东军区暂编20个师24万人，负责南直隶、山东、浙江防务。
华东军区当前的主要军事任务为维护辖区的稳定，积极开展全军大练兵，进行严格的军事训练，为未来的大战厉兵秣马。对外采取稳健的防御战略。
漕运总督漕运职责以及所有船只、仓库等设施设备，由中华商行、中华外贸等单位接管。
中华外贸招募原运军以及民间运输队伍，组成数量庞大的运输队。运输队以中华外贸的名义进行运输活动，实行内部承包责任制，按照数量和运输里程计费，多劳多得、少劳少得、不劳不得。
没有船只等运输工具的，可租用中华外贸的船只，仅支付少量的租用费用。另外鼓励有海运经验的运输队，进行海运。
河道总督裁撤，河道的维护管理交由辖区新锦衣卫建设部负责。
长江、京杭大运河等所有河道，裁撤所有关卡，对全民开放，鼓励物流运输、刺激货物流通。
操江提督、漕运总督等江河防务交由各地新锦衣卫公安部负责，各地新锦衣卫公安部成立江河巡逻警察队进行巡逻，维护治安。
华中地区成立皇家卫队华中军区，总部武昌，由皇家卫队总参谋部直接管辖指挥。杨嗣昌担任华中军区总指挥，右民盛担任政治委员，吉富忠担任参谋长。
华中军区暂编10个师12万人，负责湖广、河南、江西防务。
西南地区成立皇家卫队西南军区，总部昆明，由皇家卫队总参谋部直接管辖指挥。张伯鲸担任西南军区总指挥，朱国家担任政治委员，朱国济担任参谋长。
西南军区暂编10个师12万人，负责云南、贵州、四川、西藏防务。剑指大西南，以收复三宣九慰、乌思藏都司、俄力思军民元帅府的失地，为第一战略目标，进而征服恒河三角洲，防卫印度。
华南地区成立皇家卫队华南军区，总部广州，由皇家卫队总参谋部直接管辖指挥。瞿式耜担任华南军区总指挥，陆富圆担任政治委员，荣富国担任参谋长。
华南军区暂编10个师12万人，负责广东、广西、福建、海南、台湾防务。以收复澎湖列岛、台湾、琉球群岛、南海诸岛、交趾布政使司为第一战略目标。进而征服中南半岛、吕宋诸岛、南洋群岛。
西南军区、华中军区、华南军区当前的主要军事任务参考华东军区执行。