这天，魔杰德，瓦尔巴拉德，莲华锖丸清理突然出现的马尔甘，城市里出现一棵巨大的树，他所结出的果实制造出很多马尔甘对城市进行破坏。
“八十！八十！” “开挖土机！” “战斗！爽！”
瓦尔巴拉德用激情直升机飞了起来:“对付这种树要从外部开始攻击。”
马尔甘一发炮弹打在他身上，“混蛋被他们给击中了！跳伞！”
在众人开始清理马尔甘时，睡过头的宝太郎乘坐十列车赶到抱着十蝗虫赶到战场。
“抱歉大家，我睡过头了，城市里怎么变成这个样子了？”
魔杰德:“一之濑！！！下次再睡过头！我饶不了你！”
“抱歉，九堂。那棵树有问题 先把它除掉吧。”
宝太郎把乘坐十列车的十蝗虫安装在驱动器上变身。
“Gotcha！Gotcha！Gotcha！”
“白金Gotchard！”
宝太郎直接变身成白金歌查德准备直接把树给清理，“hopper！Liner！”
“白金射门！！！”
就在白金歌查德一记必杀骑士踢上去时，一个神秘的小丑把这个世界突然被分成了四等份，连带白金歌查德也一起分成了四等份。
而魔杰德他们也分散到了这四等份的世界中。
莲华在其中一个世界见到了智之宝太郎，这个宝太郎十分聪明，轻而易举就掌握了超A级炼金术士都难以做到的炼金术，疑似未删除记忆的宝太郎。
智之宝太郎单手指天:“奶奶曾经说过，这一切一定是有人想要窥视我们的地球，我们炼金学院拥有这代替入侵者窥视这个地球的责任。”
莲华:“居然这么聪明！肯定不是小宝。”
锖丸在另一个世界见到了神秘的宝太郎，这个宝太郎做菜做不好，十以内加减法算起来还得掰手指，打架还没人机打的好，但是特别喜欢凯米。
宝太郎吹起了笛子:“呜呜呜呜呜~呜呜呜呜呜~”
锖丸捂耳朵用平板当自己的嘴替:“我一眼就认出这个肯定是宝太郎！”
黑钢斯帕那见到了力之宝太郎，这个宝太郎十分强大，尽管炼金术没法施展多少，但在力量上完全碾压劳钢，还给他做狗都不吃的泡芙肉包吃。
力之宝太郎单手举起黑钢斯帕那:“Gotcha！！！”
黑钢斯帕那:“孩子们，这玩笑可不好笑啊。我居然让一个三分之一的半吊子炼金术士制裁了。”
“不过他肯定不是本人就是了。”
凛音战损风出现在一个荒岛，在荒岛里遇到了幸运宝太郎。
幸运宝太郎傻笑着比了个心:“凛音酱~?”
凛音一阵脸红，心跳加快惊慌失措:“一之濑，你干嘛这么叫我。”
“凛~音~酱~，来尝尝我新做的泡芙肉包吧。”
凛音直接一个大b斗抽飞宝太郎:“一之濑不可能会对我撒娇，这个也不是本人。”
这时马尔甘们冒了出来，他们受那位小丑的指引来抓捕宝太郎。
凛音想用炼金戒指炼出驱动器变身，发现没能量了。
于是，幸运宝太郎拉着她的小手逃避马尔甘的追杀。
在逃亡中，凛音嫌他实在是太慢了，直接自己上手公主抱起宝太郎逃跑。
这一切都是另一个世界的未来世界的弑神者干的，他认为这个世界的宝太郎拥有着比神还强大的力量。
于是夺走了其中三个宝太郎，嫌弃锖丸的那个宝太郎，是个废物，就没再管他。
用炼金术炼成了x-Gotchard，向炼金学院发起了绝死的挑战！
瓦尔巴拉德用上超越战斗机与UFo-x，提前开启了最终形态上去与黑金歌查德搏斗。
然后直接被打到解除变身。
最后在与伙伴们的羁绊下，宝太郎召唤出了彩虹龙，直接变身成了彩虹哥查德！
故事的结局会怎样呢？请期待2124年2月30日的夏季剧场版！