另一边的小智三人抵达了龙螺旋之塔。
艾莉丝感叹道：“近看真的很雄伟啊！”
天桐解释道：“龙螺旋之塔是合众地区最古老的塔，但是谁建造的，什么时候建的却是未知数哦！”
这时，一辆越野车朝小智三人这边驶来，驾驶员打招呼道：“hi，你们好啊！小智博士就是You吗？”
小智道：“没错！”
驾驶员自称叫尼克，是老红豆杉博士的助手。随后，他就邀请了小智三人上车。
小智看着这伪装，道：“帅哥先生，你这风格还是挺多变的啊！”
原来他就是国际刑警的帅哥先生，帅哥笑道：“还是瞒不过你啊！小智搜查官，根据我们的情报，等离子团会提前行动，所以我连夜赶来这里的，没想到你们就晚了我一天的时间。”
小智道：“这都是N先生的功劳，他送我们过来的。对了，白色遗迹的挖掘工作进行到什么程度了？有发现什么吗？”
帅哥道：“光明石！”
“光明石？！”
小智道：“果然在白色遗迹发现了光明石了，但是据我所知莱希拉姆的光明石在艾因多奥克两年多前曾经失窃过，但后来又被一个德雷多的人送了回去，那么现在白色遗迹中的光明石是怎么回事？”
艾莉丝也奇怪道：“老师说得对，大婆婆和夏卡给老师的火焰光明石就是莱希拉姆的力量本源了，那么又怎么会多出一颗光明石呢？”
天桐道：“看样子我们要亲眼见到光明石才能知道事情的真相了。”
帅哥道：“这么说莱希拉姆的光明石在小智搜查官你的身上了？”
小智道：“捷克罗姆、莱希拉姆和酋雷姆都在我这里！”
帅哥没有继续问，只是驾驶着越野车往老红豆杉博士现在的挖掘营地而去。下了车后，三人跟着帅哥很顺利的进入到了白色遗迹中，搬运小匠、修缮老头和泥偶巨人等都在和工作人员一起进行挖掘工作。
帅哥道：“我带你们去找博士吧！往这边走！”
小智四人绕过了前面的挖掘场地，来到了一个山洞，进入后这里才是白色遗迹的真正发现地点。
帅哥边带路边介绍道：“虽然还没有掌握整体结构，但是在目前发现的遗迹之中，这座白色遗迹可是最大的！”
艾莉丝道：“要是没有人带路这些通道就是个迷宫啊！”
小智三人见到了老红豆杉博士，他此时正在一堵刻有古代文字的墙前记录着什么。老红豆杉博士严肃道：“你们不可以再靠近这里了！”
小智四人停住了脚步，有什么机关吗？小智将波导之力散出去，却什么都没有发现。
他紧接着又道：“其实靠近也没关系啦！”
众人无语！
艾莉丝道：“博士您还是像以前一样，说话爱绕圈子！”
三人都差点忘记了老红豆杉博士说话的方式了。
老红豆杉博士笑道：“还记得我说过的冒险心得的第一条是什么吗？”
天桐道：“好像是别人说的话要听到最后吧！”
老红豆杉博士道：“没错！小智博士，辛苦你们长途跋涉赶来了！小智你先看看那道门，针对这里的壁画配合古代文字的解读，我们已经确定了这里头确实是莱希拉姆的遗迹。你们看这里，中间的石台上放着的就是这个光明石。”
小智接过光明石，入手的感觉就不一样，道：“这只是个赝品，应该是祭祀用的替代品，有一部分莱希拉姆留下的力量。”
老红豆杉博士道：“果然如此但也很有研究的价值。在宝可梦神话白之章中记载，在人类的历史中，如果出现了追求真实的人物，莱希拉姆就会现身。”
“首先，莱希拉姆会与此人交战，测试他的心灵与力量，然后当莱希拉姆认定此人是英雄的话，他将会传授积蓄了好几千年的知识给英雄，并对英雄的敌人刀刃相向，之后，莱希拉姆会像母亲一般的温柔态度对待英雄。”
“但是，被称为英雄的人因为得到了巨大的财富与权力，最终导致他失去了善良的心......”
“于是再用火焰将英雄一手创造的国家燃烧殆尽后，莱希拉姆从此离去！”最后这句话是赶来的N所说的。
小智道：“原来事情的真相是这样，魁奇思曾经也得到过莱希拉姆的认可啊！要不然他不会这么执着的让N先生你得到莱希拉姆的认可。等离子团的人已经快到了吗？”
N道：“是的！小智，刚才的那颗是光明石吗？”
小智摇了摇头道：“不是真的，但也有召唤莱希拉姆的力量。不过时间太久远，基本上这个能力已经微乎其微，莱希拉姆现在在我这里，就算能召唤也是徒劳的。”
N道：“那就好！”
小智道：“既然等离子团已经快到了，我有个计划......”
小智的计划就是用这颗光明石的替代品引魁奇思出现。
不多时，等离子团的安洁带队就将整个发掘营地给包围了。老红豆杉博士将光明石护在怀中，艾莉丝和天桐保护着他走出了遗迹。
此时阿克罗玛已经操纵控制宝可梦的装置将在白色遗迹进行工作的泥偶巨人和修缮老头等宝可梦都控制住了。
安洁道：“搜查官我们又见面了，还有N也是，将光明石交给我们！”
小智道：“有我在，可没有这么简单！”
艾莉丝和天桐道：“还有我们呢！”
“出来吧，快龙！”
“上场了，我最优秀的岩殿居蟹！”
小智道：“那我这边就......达克莱伊就决定是你了！”
阿克罗玛将装置对准了达克莱伊、快龙以及岩殿居蟹，小智道：“快点将快龙和岩殿居蟹收回去！”
阿克罗玛的目标一开始就是达克莱伊，被光线射中后，就猩红着双眼看着小智。
阿克罗玛笑道：“到此为止了！”
小智等人被等离子团的人以及宝可梦们团团围住，等离子团用绳子将众人都绑了起来。就在此时，魁奇思乘坐着飞行器来到了众人的眼前。
魁奇思大笑道：“不愧是阿克罗玛博士制造的机器，连神兽都能控制了！小智搜查官，之前你让我的下属给我带的话，我现在都还给你。忘记了自我介绍了，我就是等离子团的首领魁奇思！”
N愤怒道：“魁奇思难道你又要犯两年前的错误了吗？你也看到了，召唤莱希拉姆的时候，发生了多么可怕的事情！”
魁奇思道：“我不会重蹈覆辙的！我现在已经拥有了宝可梦控制机和光明石，你阻止不了我的！”
魁奇思大手一挥，召唤仪式开始。随着火焰升空，整个祭台变为了火焰的鲜红色，阵法的纹路逐渐清晰。
只是动静越大失望越大，小智无聊的打了哈欠道：“魁奇思，话说莱希拉姆呢？”
魁奇思难以置信道：“不可能啊！那么就再加上这个！”魁奇思拿出了一个黑白相间的三角体，最前端有个黄色的尖刺，这就是基因之楔。魁奇思将基因之楔放在了光明石的旁边。
小智道：“玛夏多就是现在！”
从石台的影子中，玛夏多现身了，它以迅雷不及掩耳之势将基因之楔给抢了过来，等魁奇思反应过来的时候，基因之楔已经在小智的手里了。
小智拿出了一个大师球，道：“妄想控制神兽，说出来也挺搞笑的。靠那个机器啊，再花十年的时间也是白搭。达克莱伊动手使用黑洞！对了，忘记告诉你了，达克莱伊是装的！”
达克莱伊一个巨大的黑洞就让被控制的宝可梦和等离子团的成员都陷入了噩梦中。只剩了下一个魁奇思和阿克罗玛，阿克罗玛那边还有火箭队三人要去报仇呢，小智根本不用担心，他把玩着手里的大师球和基因之楔道：“接下来就是你的复仇时刻了！酋雷姆，就决定是你了！”
酋雷姆将基因之楔融入了体内道：“小智谢谢你！魁奇思，我的力量本源好用吗？”
酋雷姆步步紧逼魁奇思。
小智让达克莱伊用精神强念将众人身上的绳子都弄断，N道：“小智，为什么达克莱伊没有被控制啊！”
小智解释道：“我的达克莱伊可是跟帕鲁奇亚和帝牙卢卡对战过的，先不说它的实力很强，这种机器控制一般的宝可梦没问题，但是神兽的数据可是没有，而且神兽每一只都不简单！想要控制它们当作兵器，是不可能成功的！计划也来到了最后了！”
魁奇思道：“可恶！”
小智道：“结束了哦！酋雷姆，转变形态，使用冰冻伏特！”
小智话音刚落，暗黑酋雷姆登场，当然只有魁奇思一个人被永久冰封，这种状态他死不了也无法摆脱冰封了。
阿克罗玛被火箭队的三人绑了起来，机器则是被赶来的荷莲娜和巴贝娜给毁了。火箭队知道这机器不能控制神兽也对此没有了兴趣，毁了就毁了。
巨大的爆炸声响起，控制宝可梦的装置直接被毁去。达克莱伊解除了黑洞的控制，宝可梦们都恢复了原状。帅哥先生提前联系的君莎小姐以及国际刑警将等离子团全部打包带走，又一个邪恶组织在小智的手上终结！
酋雷姆重新获得了自己的本源力量后就回到了精灵球中，当初跟随小智也只是单纯认可了这个人类训练家，现在是真正的认定了他就是自己的训练家了。
等离子团的覆灭，压在N与荷莲娜和巴贝娜身上的枷锁也就消失了，N邀请道：“荷莲娜，巴贝娜，跟我一起去看看雾以外的世界吧！跟我一起去旅行，在这个现实的世界旅行！”
荷莲娜道：“要往哪里去呢？”
N道：“往理想的地方去！我想要找到将理想变为现实，自己能做到的事情！我需要你们的力量！”
N与荷莲娜与巴贝娜去旅行了，为了实现人类理想的世界，小智三人目送他们离开，相信以后在某处还会再次相遇！
至于老红豆杉博士听说发现了新的冰之遗迹后，带着挖掘队的成员们马不停蹄的离开......