这天的早晨，小智一行人正在沙滩上进行晨练。
小刚道：“哎？大家看那边！”
小智三人抬起了头，顺着小刚所指的方向看去，只见一个人穿着人字拖鞋，白大褂加短裤的装扮，整个人贴在崖壁上。
小智道：“这不是小田卷博士吗？”
小智没有看错，小田卷博士本来就是那种注重野外研究的博士，所以在这里看到小田卷博士，小智也不意外。
小田卷博士趴在崖壁上，是要观察野生长翅鸥的巢。
“原来里面的结构是这样的啊！”一只长翅鸥回家却见到一个人正在摆弄自己的巢，生气的用喙猛啄小田卷博士。
“比雕去救小田卷博士！”
比雕接住了下落的小田卷博士，小智一行人才赶到，幸好赶上了！
小田卷博士道：“这只比雕是小智的吗？又被你救了一次！”
小智道：“小田卷博士你没事就好！”
众人坐在海边的石头上聊起了天，小田卷博士道：“小刚，你能平安与小智会合真是太好了！”
小刚道：“当时多谢您的照顾了！对了，小田卷博士来武斗岛做什么呢？”
小田卷博士道：“其实我一直有个心愿，想要观察武斗岛的宝可梦。比如说，你们看这个附近的长翅鸥的像这个样子在陡峭的悬崖上筑巢。”
小遥道：“可是小田卷博士像你这样爬上去也太冒险了吧！”
小胜打断小遥的话：“姐姐，你到底在说什么啊！在野外研究宝可梦的领域里，小田卷博士可是个大名人！他这个人好厉害的！为了见宝可梦一面，天大的困难也不怕。不管什么地方都敢去探险！”
小遥道：“是......这样吗？”
小田卷博士笑道：“谢谢，很荣幸能得到小胜这么棒的夸奖。小智你们怎么还在武斗岛，我还以为你们都差不多通过凯那市了！”
小智道：“武斗岛很适合做修行，最主要的原因还是小遥，小遥想要参加凯那市即将举办的华丽大赛。”
小田卷博士道：“小遥想成为协调训练家吗？这挺适合小遥的。你爸妈要是知道也会开心的。”
小遥害羞道：“我也还在练习啦！多亏了小智他们的帮忙，现在终于有点成果了。”
一架有火岩队标志的红色直升机，降落在悬崖顶，直升机上下来一群身穿红色制服的人，他们都是火岩队的人。与此同时，海面上出现了一艘水舰队的潜水艇。火岩队与水舰队都陆续进入了武斗岛。
小智一行人寻找今天能做休息的地方，他们在一个山洞前石头上看见了一个低落的男孩，小胜上前问道：“你是武斗岛的人吗？你为什么会在这里呢？”
男孩红着眼睛道：“我叫......和辉，大哥哥你是宝可梦训练家吧，能不能请你就回我的土居忍士。”和辉看向了小智与皮卡丘。
众人上前都听到了和辉的话，小遥道：“你的土居忍士是不是被一男一女还有一只会说话的喵喵抓了？”
和辉道：“就是他们。”
小胜道：“怎么又是那三个笨蛋啊！”
小智道：“和辉，你放心，我们会帮你把你的土居忍士救回来。”
与此同时的和辉建立的秘密基地中，火箭队三人打了一个大大的喷嚏。突然，秘密基地的门被人撞开，就是身穿火岩队制服的人，火箭队三人打不过他们派出的大狼犬，只能先逃了！
小智一行人跟着和辉来到他的秘密基地前，只见门是开着的，而里面被破坏的很彻底，还有一条不知道延伸到哪里的隧道。小智道：“先等等，里面不太对！”
小刚问道：“小智怎么了吗？”
小智道：“有危险的感觉！”
和辉担心道：“我的土居忍士会不会有事啊！”
小智道：“放心，大家都跟在我的后面。”
小智领头，走了一会儿就来到了一个空间很大的地方，这里矗立着一个巨大的石头雕刻成的建筑前。小智示意大家放轻声音，躲在了一块巨大石头的后面。
他们能清晰听到一个男人的声音：“原来是在这个地方！唤醒的小庙！好，各队开始做确认冲入的准备！”
“是！”
在火岩队之后从水里出现了水舰队的人。两方见面后，火岩队的领队和水舰队领队的那个女生用大狼犬和利牙鱼战斗了起来。
小遥道：“那不是火岩队和水舰队吗？”
小田卷博士道：“没想到洞窟后面有着这样的大遗迹啊！”
水舰队领队的女生道：“辛苦你帮忙了！火村队长！”
火岩队领队的男人道：“泉美执行队长啊！好久不见。”
两人见面就打了一架，才寒暄道。
泉美对身后的手下命令道：“你们先走，这里交给我处理，要尽量避免战斗，执行任务为优先。”随后水舰队的人也进入了那个遗迹中探查。
小遥道：“看他们的样子关系好像很恶劣。”
小智道：“是挺恶劣的，火岩队和水舰队的老大关系就不好。我们先静观其变吧！”
这时候火村和泉美的对话还在继续。
火村的对讲机传来声音，他回复道：“这里是火焰1号，内部被水舰队入侵了？没关系，避免不必要的对战，继续执行任务。”火村看向泉美：“如果没有你们要的，而只有我们追寻的力量的话？”
泉美道：“我也要问你同样的问题，就算这里存在你或我们追寻的力量，你们有办法掌控吗？”
火村道：“难道你带着红色珠子来了？”
泉美道：“有的话，你想怎么样呢？”
火村上前一步：“那当然是......”
泉美笑道：“很遗憾，我还没有资格碰那个东西，估计你，也没有那个资格拿出......蓝色的珠子吧！”
泉美继续道：“你为什么要大地的力量，我们追求的海洋力量可以将一切都冲走，你们根本就是没有胜算的！”
火村哼了一声：“不了解大地力量的人才会说这种话！”
大地与海洋的力量吗？固拉多与盖欧卡。
小智将他们的对话完整的传达给小刚他们。火村的对讲机再次传来声音，火岩队这次算白跑了一趟，火村让众人撤退。
泉美刚想讽刺火村几句，她的对讲机里也是得到了手下同样的答复，泉美也下令撤离。
小胜问道：“他们似乎都像是在找什么东西，红色的珠子蓝色的珠子到底是什么啊？”
小智知道但现在也不能说，只能让火岩队与水舰队全部撤离。这时候火箭队的三人出来蹦跶了，原来他们也偷偷溜了回来。
和辉道：“我的土居忍士！”和辉看到了被吐丝绑住跟在武藏身后的土居忍士。
小智道：“傲骨燕，翅膀攻击！”傲骨燕将土居忍士身上绑的东西给切断，抓住了土居忍士的身体将它带回了和辉的身边。
武藏道：“小鬼头，你怎么又来碍事！”
小智道：“小小象，滚动攻击。接下来和辉看你的了！”小小象用滚动将火箭队三人撞飞了出去。
和辉道：“土居忍士，使用秘密之力！”
土居忍士使用了秘密力量将火箭队三人炸飞。
“好讨厌的感觉啊！”
“索南斯！”
和辉后来告诉小智，他的对战从来没有赢过是小智给他了信心。小智将这件事也告知了渡，渡也告诉小智他会关注的。
和辉和土居忍士也重建了他们的秘密基地。