这些无不说明忍者与大名之间的关系并非一成不变，而是充满了动态的变化。在这两者之间的平衡，反倒促使对于火影世界中那些各大忍村的稳定，使国家正常化，可以说如果没有大筒木黑绝后来的事，与宇智波佐助、漩涡鸣人的主角光环，忍村要么变成以大名为主的旧关系，要么推翻大名建立真正的忍者国。
由于国家间经济发展的不平衡导致经济差距加大，国家提供资金给忍村，忍村要负责国家的防御和进攻，各国忍村武斗派势力抬头，以加大公平的特权为由，推行以武力来势力扩张，掠夺资源，忍界大战忍者是下场，挑起战争的是国家。
第二次忍界大战爆发！
在战争开始前，火之国和木叶高层为了先发制人，决定向雨之国宣战，并寻求借路。与此同时，岩隐和砂隐也没有犹豫，紧接着对雨之国宣战。
这样一来，雨之国成为了四大国的战场，陷入了复杂的战争局势。在这种情况下，雨之国的忍者不得不面对来自四个国家的敌人，处境极其艰难。
雨之国的地理位置，导致四个国家在雨之国展开了激烈的争斗，在第二次忍界大战期间，雨之国由于地处土、风、火三大国之间，沦为了主战场。多国忍者部队在雨之国境内交战，给雨之国带来了沉重的灾难。大量平民在战乱中失去家园，甚至生命。
弥彦、长门和小南这三位孤儿就是在这场战乱中失去父母的。他们成为了流浪儿，在战争的阴影下艰难求生。
雨隐村首领山椒鱼半藏无法坐视雨之国继续遭受这样的灾难，他向入侵雨之国的大国宣战。于是，火之国、风之国、雷之国和土之国之间在多个战场展开了激烈的战斗，第二次忍界大战进入了白热化阶段。
在这场战争中，各个忍者村都付出了沉重的代价，双方的损失都非常惨重。然而，战争并未就此停止，而是继续吞噬着无数生命和家园。
先是三大忍村在雨隐村激战，最终木叶胜利，但山椒鱼半藏所说的木叶胜利，应该是火之国和木叶对雨隐战争胜利，但不是第二次忍界大战胜利。
随后应该木叶和雨隐对战另外两个忍者村。雨之国借路后，火之国的木叶穿过去与岩隐和砂隐交战，其补给依赖雨火线，由此为了破坏后勤，千代的毒因为伤害木叶也伤害了雨忍，半藏便与千代交手起来，可以说此时的山椒鱼半藏是真正的半神半藏。
随后，自来也遇到了弥彦、小南和长门这三个战争孤儿。他心生怜悯，决定留下来照顾他们，希望他们能够在这残酷的战争中找到一丝温暖和希望。
尽管他努力为这三个孩子提供了庇护和关爱，但他们仍然需要面对战争的现实。自来也教给他们忍术，希望他们能够保护自己，同时也希望他们能够为了和平而战斗。
在自来也的指导下，弥彦、小南和长门逐渐成长为强大的忍者。他们组建了名为“晓”的组织，旨在通过和平手段改变世界的命运。
自来也的关爱和教导对这三个孩子的成长产生了深远的影响。尽管战争仍在继续，但他们已经下定决心，要为了和平而努力，让世界远离战火与痛苦。
但是，战争并未因为自来也的善举而结束，云隐村为了将尾兽用于军事目的，不断地进行尾兽试验。然而，由于人柱力未能完全控制尾兽，八尾多次暴走，对云隐村造成了严重破坏。每次制止失控的八尾都会出现众多的伤亡。
为了寻求能够控制尾兽的力量，云隐村将目光投向了具有特殊查克拉能够封印尾兽的漩涡一族。于是，云隐忍者趁战乱潜入木叶村，拐走了漩涡玖辛奈。
波风水门得知消息后，毫不犹豫地独自一人前去营救玖辛奈。尽管当时水门和玖辛奈都只有10岁，还只是从忍者学校刚毕业的年幼下忍，并没有被派上战场。但水门已经展现出了非凡的天赋，轻松地将三名成年云隐忍者击倒，成功地解救了玖辛奈。
这次事件使得玖辛奈对水门产生了好感，两人的缘分由此开始。同时，这次事件也反映出木叶村在战争期间防卫疏松，给了云隐村可乘之机。
第二年，战争转入局部式战斗，火之国突入风之国境内，雷之国突入土之国境内，结束标志就是岩隐和砂隐，进攻失败。
就在这一年，第二次忍界大战结束，但是武斗派，并没有停下来。第三次忍界大战结束后，武斗派算是彻底消停下来。除了云隐，各国都在削减军备了。
双方战争包括
雨隐VS砂隐：
雨隐与砂隐交战，战场上山椒鱼半藏所释放的毒全都被千代破解，还被千代发现了山椒鱼填补毒气需要五分钟的缺点，这让半藏感到十分头疼，因此，半藏称呼千代是“傀儡老太婆”，千代称呼半藏是“戴通气管的老头”。
雨隐VS木叶：
雨隐与木叶隐交战，战场上半藏通灵出山椒鱼井伏释放大范围毒物令木叶隐大批忍者倒下，最后战场上仅剩下自来也、纲手、大蛇丸三人仍在坚持，半藏非常赏识他们，因此赋予他们“木叶三忍”的名号。
这场战争结束后，许多忍者与居民流离于饿死的边缘，木叶隐的两名上忍为了搜刮食物资源，进入长门的家中杀死了长门的父母，导致长门轮回眼力量暴走杀死了那几名忍者。之后长门与同样在这场战争中成为孤儿的弥彦和小南相遇，三人靠偷窃维持生存，后来他们遇到尚未回国的木叶隐三忍，自来也决定留在雨隐收三人为徒。
木叶VS砂隐：
砂隐与木叶隐交战，战场上号称“木叶白牙”的旗木朔茂出手斩杀了蝎的父母，导致千代十分憎恨旗木朔茂。千代制作的毒全都被木叶隐的纲手破解，也让千代感到十分感到棘手。
同年，绳树在一次战斗中误入敌人设置的爆炸符陷阱，不幸被炸死。纲手的弟弟绳树年仅12岁就牺牲在了战场，这让纲手的心灵受到了极大的创伤。
更不幸的是，纲手的恋人加藤断也在这场战役中丧生。当纲手发现加藤断的尸体时，他的内脏已经被掏空。这给纲手带来了沉重的打击，导致她后来患上了晕血症。
绳树阵亡时的一代，成为了第二次忍界大战的辅助战力和第三次忍界大战中的主力。此时第二次忍界大战的主力则是二代火影建立的几批忍校毕业生和老忍者们。他们在第一次忍界大战中已经积累了丰富的经验和实力，因此在第二次忍界大战中成为了中坚力量。
至于第三次忍界大战就精彩了，双方战争情况如下：
云忍村：
1. 老二继续VS老大木叶。云忍村在战争中确实出了大力，接班人和人柱力全去战场了。Ab兄弟杠上的对手是波风水门。
2. 一边与木叶开战，Ab兄弟和波风水门初次交手时，云隐和岩隐暂时并没有爆发大规模战争的预兆。
3. 三代雷影艾直到牺牲，四代雷影也没去，可见岩忍村应该是在云忍与木叶交战之时，埋伏了一波。估计情报泄露，岩忍突袭了云忍，背后直接插了云忍一刀。
4. 这才导致四代雷影艾更加仇恨志村团藏，且三代土影大野木突然卖队友。很有可能是木叶的挑拨离间活动有了成果，策反了岩忍，估计牵头人是志村团藏，情报应该是木叶那边为打破敌人联合准备的。
岩忍村：
1. 入侵草忍村，进攻木叶。岩忍在草忍村杠上的也是水门，三代雷影艾被岩忍围攻牺牲之时，人柱力都不在身边。
2. 神无毗桥之战，水门干掉了五十个敌人，打得大野木与木叶和解。
砂忍村：
1. 三忍、日向等主力没有在波风水门的两场战斗里出现，也没出现在七人众战场，大概率去参加了风之国的战斗。
2. 砂忍内战结束，看着都在大木叶，就想分一杯羹进攻木叶，但是就被白牙、纲手、大蛇丸给搞定了，奢望的战略目标已经失败了，于是风之国与火之国就变成了盟友。
雾忍村：
1. 忍刀七人众杀了木叶不少人，应该是没有遇到木叶的大人物，属于突然袭击，有可能是云忍与雾忍有了什么约定。
2. 结果忍刀七人众遇到迈特戴直接被打残。
3. 宇智波被村子要求攻击雾忍，日向一边遗落了一枚宗家的白眼。
4. 连尾兽三尾都被坑没了，喜迎宇智波斑和宇智波带土的祸害，血继家族开始大量死亡，普通人与忍者矛盾加剧。
总之有可能首先发动战争的是砂忍，而不是更强的云忍、岩忍，不是说云忍、岩忍没心发动，而是准备工作没够，显然不清楚三代风影失踪，赤沙之蝎失的踪，砂忍主导权落到千代手里。由于千代和木叶国仇家恨，严重怀疑是木叶下的黑手，新仇旧恨一起算，打！
当然，砂忍应该也和云忍、岩忍有过接触，至少探了口风，不然千代再恨木叶，也没这个胆去打。
云忍和岩忍抓住机会，合谋进攻木叶。至于是谁带头，三代土影大野木和三代雷影艾都有可能，云忍主动跟岩忍谈好以后没了后顾之忧，立刻把主要战力都派到了战场。
岩忍肯定也派兵了，不然无法得到云忍信任。但云忍没想到老阴逼大野木摇摆不定，两手准备。对大野木来说，木叶和云忍，本质上都一样，打谁都行。
之后，云忍、岩忍相继或同时发动了进攻。通过原着，波风水门去神无毗桥应该是支援，所以整个水门班，旗木卡卡西、原野琳、宇智波带土才会一起去的，在那之前木叶的部队应该被局限在其他地方，比如提前到前的云忍攻势，这也符合波风水门与Ab兄弟的战斗，推理可知此时的云忍的攻势略早一些，以平手，双方进入胶着。
云忍则明以三代雷影艾之子和人柱力，暗则通过水路打算迂回至战场后方夹击木叶的忍军，同时就在此时岩忍行动也跟上了云忍明面攻势中的三代雷影艾之子与人柱力，基本上打了木叶一个措手不及，木叶没办法只好让拥有飞雷神之术的波风水门孤身支援，而这些云忍是不知道的，至少前线的先头部队领导者Ab兄弟是不知情的。
这时候，岩忍态度松动，攻势暂缓。木叶加紧了外交攻势，秘密接触岩忍，从动漫tV岩忍开会来看，木叶这边应该只接触了大野木。
当然辅助有波风水门在岩隐战线的攻击，于是三代土影大野木承受打击转而决定对付云忍，打算利用斩首三代雷影艾和人柱力、三代雷影艾之子在前线，可以坑死对方后面只需要突入忍村空虚进行偷家攻势，局势稳定后波风水门飞回后继续与云忍村的战场，Ab兄弟还茫然不知直到双方继续交手。
三代土影大野木，借口神无毗桥的失利召开会议讨论战事，大家一致认为应该打下去。这可以佐证，神无毗桥战役并没有让岩忍伤筋动骨，波风水门一战转折看似在整个三战的说法站不住脚，但实际上就是因为金色闪光的飞雷神让岩忍中上层危害过大，这才真正转折了三战的是三代土影大野木的态度——背着属下和团藏交涉的大野木有了自己的主意，并且一意孤行叛盟，和木叶停战，转头偷袭云忍。
大约就在同时，木叶迫于战争压力，肯定要全力以赴速战速决，最短时间内结束与砂忍的战争。战争结果就是砂忍投降，美其名曰与木叶结成同盟。
云忍被岩忍袭击后，三代雷影被迫断后战死，云忍看似损失不大，但失去了雷影内部的主和、主战派是极有可能掀起内战的。